สุลต่านอิสมาอิล เปตรา อภิษกสมรสกับสมเด็จพระราชินีอานิซ เมื่อวันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2511 ณ พระราชวังโกตาลามา เมืองโกตาบารู รัฐกลันตัน ซึ่งขณะนั้นพระราชสวามียังมีพระอิสริยยศเป็น มกุฎราชกุมารแห่งกลันตัน (Tengku Mahkota) ในเวลาต่อมาพระองค์ได้รับการสถาปนาให้มีพระอิสริยยศที่ พระชายาในมกุฎราชกุมาร (Tengku Ampuan Mahkota) เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2512[9] ทั้งสองมีพระราชโอรส-ธิดาด้วยกัน 4 พระองค์ ได้แก่[1]

1. สุลต่านมูฮัมมัดที่ 5 (พระราชสมภพ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2512) พระนามเดิม เติงกูมูฮัมมัด ฟาริซ เปตรา
2. เติงกู มูฮัมมัด ฟายิซ เปตรา (ประสูติ 20 มกราคม พ.ศ. 2517) ปัจจุบันเป็นพระยุพราชแห่งกลันตัน
3. เติงกู มูฮัมมัด ฟาครี เปตรา (ประสูติ 7 เมษายน พ.ศ. 2521)
4. เติงกู อามาลิน อาอีชะฮ์ ปูตรี (ประสูติ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2527)